Inaugurado en 1893 constituye el primer ejemplo de “Puente Transbordador” realizado en estructura metálica.
El objetivo de su realización fue unir las dos márgenes de la desembocadura del Nervión (población de Portugalete con Las Arenas) sin entorpecer el tránsito fluvial que el comercio de esa época generaba.
Su diseño, realizado por Don Alberto Palacio y Elissague (quien también participó en la construcción del Palacio de Cristal del Parque del Retiro en Madrid), es un gran ejemplo de la unión de dos tecnologías de la época: los puentes colgantes metálicos y los vehículos accionados por máquinas de vapor.
Durante la Guerra Civil Española este puente es testigo de los ataques siendo dañado pero manteniendo su fortaleza hasta que, en 1937, el Batallón de Ingenieros del Ejército del Norte recibe la orden de destruir todos los pasos sobre el Nervión y cumpliéndola derriban el travesaño del mismo. Cinco días después finaliza la guerra en el frente Bilbaíno.
En 1939 se aprueba su reconstrucción y en 1941 es inaugurado el que se mantiene hasta hoy, con algunas variantes de su versión original.
En el año 2006 el Comité Mundial de la UNESCO declaro al Puente Vizcaya Patrimonio Mundial.